Studiile Doctorale din cadrul SNSPA au debutat în anul 2000, odată cu obţinerea calităţii de instituţie organizatoare de doctorat în domeniul Știinţe Politice. SNSPA este prima universitate care a organizat studii doctorale în domeniul Știinţe Politice în România (vezi Ordinul Ministrului Educaţiei si Cercetării  nr. 4212/20 iulie 2000), la iniţiativa Decanei de atunci a Facultăţii de Ştiinţe Politice, Mihaela Miroiu, în colaborare cu profesorii Ovidiu Trăsnea şi Mihai Ionescu. La acest moment, profesori coordonatori în domeniul de doctorat Știinţe Politice sunt: Mihaela Miroiu, Adrian Miroiu, Ioan M. Pașcu, Mihail Ionescu, Cezar Bîrzea, Iordan Gh. Bărbulescu, Daniel Dăianu, Teodor Meleșcanu, Adrian Pop, Gabriel Andreescu, Andrei Țăranu, Liliana Popescu.
După pionieratul realizat în domeniul Știinţelor Politice, în 2001, SNSPA  a devenit prima instituţie organizatoare de doctorat în domeniul Știinţelor Administrative, primii conducători de doctorat în acest domeniu fiind profesorii Lucica Matei, Irina Zlătescu şi C. M. Drăgan. Ulterior, au devenit conducători de doctorat în acest domeniu profesorii Ani Matei şi  Emil Bălan. SNSPA este, în prezent, singura instituţie organizatoare de studii universitare de doctorat în domeniul Știinţe Administrative.
În anul 2008, Şcoala Doctorală a SNSPA s-a îmbogăţit cu două noi domenii de doctorat: Sociologie şi Știinţele Comunicării. Conducătorii de doctorat din domeniul Sociologie sunt profesorii Vintilă Mihăilescu, Mihaela Vlăsceanu și Vladimir Pasti. În timp ce profesorii Paul Dobrescu, Constantin Schifirneţ, Grigore Georgiu, Alina Bârgăoanu, Nicoleta Corbu și Tudor Vlad sunt conducători de doctorat în domeniul Știinţe ale Comunicării.