Studiile Doctorale din cadrul SNSPA au debutat în anul 2000, odată cu obţinerea calităţii de instituţie organizatoare de doctorat în domeniul ştiinţe politice. SNSPA este prima universitate care a organizat studii doctorale în domeniul ştiinţe politice în România (vezi Ordinul Ministrului Educaţiei si Cercetării  nr. 4212/20 iulie 2000), la iniţiativa decanei de atunci a Facultăţii de Ştiinţe politice, Mihaela Miroiu, în colaborare cu profesorii Ovidiu Trăsnea şi Mihai Ionescu.